Pada tahun 2013 dilaksanakan Rakornas APTIKOM di Medan yang salah satu hasil keputusannnya adalah Universitas Diponegoro dinilai dan ditunjuk untuk menyelenggarakan Program Pendidikan Doktor di bidang informatika dan komputer. Hal ini didasarkan pemikiran dengan banyaknya program studi dibidang informatika dan komputer tumbuh di Indonesia akan tetapi saat ini hanya ada 5 program studi doktor di Indonesia. Delegasi Rakornas APTIKOM menyampaikan mandat ke Universitas Diponegoro dan segera membentuk tim pendirian program studi. Pada awalnya tim dibentuk di Fakultas MIPA (sekarang Fakultas Sains dan Matematika), seiring dengan perkembangan dan pertimbangannya maka pendirian dipindahkan ke Sekolah Pascasarjana. Hal ini didasarkan atas pertimbangan telah berdirinya Prodi Magister Sistem Informasi yang telah berdiri pada tahun 2007 dan telah terakreditasi dengan nilai A.
Atas dukungan Dekan Sekolah Pascasarjaan saat itu Prof. Dr. Ir. Purwanto, DEA dan tiga guru besar Universitas Diponegoro yaitu Prof. Drs. Mustafid, M.Eng, Ph.D, Prof. Dr. Ir. Purwanto, DEA dan Prof. Dr. Suryono, S.Si., M.Si. dan didukung dosen home base lainnya yaitu Dr. Drs. Rahmad Gernowo, M.Si. dan Dr. Oky Dwi Nurhayati, S.T., M.T., maka melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Diponegoro No. 249/UN7.P/HK/2020 tanggal 13 Maret 2020 Program Studi Doktor Sistem Informasi Universitas Diponegoro telah resmi dinyatakan berdiri. Pada periode pertama ditetapkan Prof. Dr. Suryono, S.Si., M.Si. sebagai Ketua Progran Studi untuk masa jabatan 2020 – 2025.