Kurikulum pada Program Studi Doktor Sistem Informasi UNDIp diselenggarakan dengan 2 cara yaitu By Course (BC) dan By Reasearch (BR). Program by course diselenggarakan dengan perkuliahan terstuktur di awal semester sebanyak 10 SKS (4 matakuliah) sedangkan program by research tidak ada beban SKS perkuliahan di awal semester, mahasiswa langsung mengerjakan proposal disertasi serta serta melakukan riset. Mahasiswa diberi kebebasan untuk memilih salah satu di antara dua program tersebut, akan tetapi program by Reserch diprioritaskan bagi mahasiswa yang telah memiliki proposal dengan novelty yang baik dan memiliki pengalaman publikasi di jurnal internasional bereputasi yang cukup. Perbedaan beban SKS untuk program by course dan by research ditunjukkan pada table berikut ini :
